STAR-CCM+软件资料分享，提升仿真技能

根据官网的指示：alexdobin/STAR

下载并解压STAR：

wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.8a.tar.gz
tar -xzf 2.7.8a.tar.gz
cd STAR-2.7.8a

编译：

cd STAR/source

make STAR

安装目录加入环境变量：

export PATH=/data/users/minmingw/tools/STAR-2.7.8a/bin/Linux_x86_64:$PATH

下载参考基因组和对应的注释文件：

我是在ensembl下载的hg38 ：Ensembl genome browser 103

左边第二个下载fasta(选择dna.primary_assembly)，右边第三个下载GTF (选择GRCh38103.gtf.gz)。

建index：

STAR --runThreadN 6 \ #设置线程

--runMode genomeGenerate \

--genomeDir /data/users/minmingw/Alignment/index \ #index输出路径

--genomeFastaFiles /data/users/minmingw/Alignment/hg38/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa \ #参考基因组Fasta文件路径

--sjdbGTFfile /data/users/minmingw/Alignment/hg38/Homo_sapiens.GRCh38.103.gtf 、 #参考基因组注释GTF文件路径

--sjdbOverhang 100 #reads长度最大值减一，默认100，我已知我的reads最大长度101

需要一段时间，建index就完成啦。

接下来就是比对，两个双端测序fastq文件为一组

STAR --runThreadN 20

--genomeDir /data/users/minmingw/Alignment/index \#index路径

--readFilesIn SRR11050957_1.fastq SRR11050957_2.fastq \#R1和R2路径

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ #生成排序后的bam文件 可以进行后续RNA velocity

--outFileNamePrefix ./SRR11050957 #输出文件夹前缀

有一个很tricky的地方就是。。虽然STAR提供了--readFilesCommand gunzip -c 供fastq.gz压缩格式的file比对。。但是这样跑出来的bam不能通过后续的samtools sort 。。。所以还是解压吧。。真的不知道为什么 bam文件的final log都是一样的。。。。

如果是single cell seq..需要用STARsolo....

参考文档：alexdobin/STAR

我的是ICELL8平台 测序，所用的命令如下。。

STAR --genomeDir /data/users/minmingw/Alignment/index --readFilesIn SRR11050949_2.fastq SRR11050949_1.fastq --soloCBwhitelist None --runThreadN 8 --soloType CB_UMI_Simple --soloCBstart 1 --soloCBlen 11 --soloUMIstart 12 --soloUMIlen 10 --soloBarcodeReadLength 26 --outSAMattributes NH HI nM AS CR UR CB UB GX GN sS sQ sM --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --soloCellFilter EmptyDrops_CR --outFileNamePrefix SRR11050949

多个Lane: 注意fastq之间的空格

STAR --genomeDir /data/users/minmingw/Alignment/index --readFilesIn Chip91497_lane1_2.fastq,Chip91497_lane2_2.fastq,Chip91497_lane3_2.fastq Chip91497_lane1_1.fastq,Chip91497_lane2_1.fastq,Chip91497_lane3_1.fastq --soloCBwhitelist None --runThreadN 8 --soloType CB_UMI_Simple --soloCBstart 1 --soloCBlen 11 --soloUMIstart 12 --soloUMIlen 10 --soloBarcodeReadLength 26 --outSAMattributes NH HI nM AS CR UR CB UB GX GN sS sQ sM --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --soloCellFilter EmptyDrops_CR --outFileNamePrefix Chip91497

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